施工業者は私に「地盤が固くてグランドスクリューが刺さらないので、コンクリートで固める」との工法変更を作業開始後伝えてきました。
仕上がりをみるとグランドスクリューを切断して紙管（約４０センチ直径）を型枠にして固めたみたいです。

仕上がりに水糸を当ててみると直線にはほど遠く、架台もスクリュー皿の芯に乗っているものもあれば、淵によっているものもあります。
それでも「石が邪魔して仕方がなかった」と先方は弁明し続けるので、「石が邪魔だから工法を変えると言っておいて、それは理由にならない」と反論しました。

施工業者には早速クレームを入れて、先方の返答待ちの状態ではありますが、いかがでしょうか。この程度のことは許容範囲なのでしょうか？

先輩の皆様にご指導いただきたいです。宜しくお願いします。

画像もあります。

今回、頼んだ施工会社は大手企業でしょうか。（十分な利益マージンを取られましたでしょうか。）
大手であれば、全工事のやり直しに応じてもらえる可能性があります。
工事のやり直しに伴う費用よりも、評判が落ちるなどの損害の方が大きいと思えば動かしやすいです。

もし、そこまで大きくない会社の場合、工事のやり直しによっては会社自体の存続に関わってくることもあり、なかなかやり直しに応じないのではないかと想像します。
工期中に事業主様が確認し、工事途中で指摘が入れば、そこまで費用が発生しないこともあり、修正に応じてもらいやすくなります。

工事契約にもよりますが瑕疵担保責任は1年で終わってしまいます。
工事契約の中でどこまで工事について細かく指示が出せていたかによりますが、施工会社では”組み立てられれば文句は言わないだろう”と考えてしまいがちです。

ということで、発電所の売電収入で事業継続をしていくのであれば、下記のあたりが落とし所になるのではないでしょうか。

・構造的に問題があり、風、雪等で発電所に影響がある場合については、その部分の修正を行う。
＝＞問題がある場合、この部分は瑕疵担保条項として、強く修正を要求しても良いと思います。
・定期的なメンテナンスを行い、問題が発覚した場合については施工会社に責任持って対応にあたってもらう旨約束をする。
　（何か契約をしたほうが良いでしょう。）

施工会社はあまり大手というほどではありませんが、施工実績は結構あるようです。

私も全工事やり直しまで求めるつもりはありませんが、納得いく説明と対策を望んでおります。

説明；何について説明をしてもらいたいか。
　　　どのような説明をしてもらえると理解できるのか。
対策：何について対策をするべきか

このあたりを明確に示すことが出来れば、話は進められると思います。

もともとスクリュー杭で施工することとしていた。
スクリュー杭前提で、設計を行った。（誰が行ったかによって話し方を検討）
コンクリートによって下記の影響がないか確認をしたい
・構造計算上（風、雪など）問題がないこと。（スクリュー杭よりも強化されていること）
・20年以降に土地を現状復帰（定期借地権などであれば）するときにコストがかかってしまうが、
　その影響と対策方法

作業開始後に工法変更の連絡があった際に承諾している（もしくは委任していいる）のではないかと思います。
その時に確認するのが望ましかったと思いますが、現状の発電所において安全性を確認するのが良いのではないでしょうか。