約２年前に不動産屋の仲介で農地転用可能な土地３００坪を売買契約し手付け50万円を支払いました。27円の認定も取得し順風満帆でした。
半年後に農地転用を終え残金を支払う予定でしたが、少し待って欲しいとの事で待っていましたがそのうちに１年経ってしまいました。流石に遅過ぎだろうと不動産屋を急かしたところようやく動き出して、農地転用に必要な書類を求められたので全て提出しました。しかしながら完璧な書類を出しているのに農地転用が進みません。
そして昨年夏ぐらいですが、JPEAから連絡がありました。重複案件につきみなし認定移行できませんとの事でした。
どういう事かと言うと、売主は私と売買契約を結び手付け金も受け取っていながら、土地を売るより自分で太陽光をした方が儲かると考えたようです。全くもって許し難い行為ですが、JPEA担当者の話では、権利強度の書類としては私の手付け金しか払っていない売買契約書より、売主が提出した権利強度の書類の方が正当だとみなしているようで、私に対して設備の廃止届を出すように促してきました。

権利強度の書類
１. 土地全部事項証明書（法務局発行・３か月内）
２．印鑑証明書：（土地地権者の印鑑証明書　３か月内）
３．土地貸借契約書・土地売買契約書・譲渡証明書等
　　※土地地権者と設置者が同一の場合３の契約書等は不要です。

当然ながら全く納得できないので、廃止届など出すわけはないですし、売主に対し怒りもあるのですが、今後の事を考えると穏便に解決したいと思います。

私の考えとしては、同一地番で２つの認定を出すことはできないので、私が廃止届を出さない限り売主は認定を取得できないだろうということ。そして特に知りたい事としては、私が認定の廃止届を出さない場合にどうなるのかということです。私が認定を守り切り、売主が認定を受けられずに時間が過ぎれば単価も下がるので諦めて売ってくれると期待しています。不動産屋情報では、もう少し待って欲しい、然るべき時が来たらJPEAへの申請は取り下げるとの事です。ですから、あと2、3ヶ月売主が認定を得られなければ素直に売ってくれる可能性が出てきます。
あと2、3ヶ月をしのぎきる知恵を貸してもらえればと思います。
よろしくお願いします。

契約書を読まないとなんとも言えませんが
どのような意図での手付金でしたでしょうか。
契約書をまず確認してみた上で
弁護士に相談することをお勧めします。
http://www.zennichi.or.jp/law_faq/%E6%89%8B%E4%BB%98%E5%80%8D%E8%BF%94%E3%81%97/

JPEAは廃止届を出すよう促してきたとは思いますが
強制的に廃止を実行すれば彼らが訴訟に巻き込まれかねないので
恐らく促すまでかと思います。

拒否し続けていたらどうなるかは直接JPEAに
聞いてみて下さい。
明確なルールは設定していないと思われますが・・・。