投資はご自身のリスクで行うものですのでなんとも言えません。その前提でですが、、、
パネル変更をすると半年くらい認定変更に掛かってしまうという今のJPEAの認定の仕組みの問題ですよね。

ご自身の認定なのであればご自身の希望を第一優先されるべきではないでしょうか？
それを業者都合で変えられないのであれば値引きがあってしかるべきです。

ただ、半年後、認定が変わった時にまたやすいパネルが出ていることもありえますし、半年後のパネル価格は逆に高くなっていることもありえます。

ドルベースで動いている世界ですから。

その辺の変動リスクも込みで考える必要がございますので余計難しいですね。

明確なご回答ができず申し訳ありません。

私は現在、18円案件を2018年4月に契約し設備認定を待っている状況です。しかし、同じ施工会社においても安価なパネル構成を売り出しており、契約時の割高（現状で120万ほど差があります）なパネル構成で設備認定後に施工をするか、変更認定を行い安価なパネル構成に切り替えるか苦慮しております。施工会社としては変更認定はしたくないそうですが、利回りが向上するため、今後交渉していくことが適切なのか、速やかに竣工目指すべきなのかご意見を頂きたく存じ上げます。

前提条件
○土地は賃貸にて契約済みです（連系後に賃料が発生する契約ですが、それまで草刈りを行う必要があります）

長文になってしまい申し訳ありませんが、お知恵を頂戴いただけますようお願いいたします。